În 1948, Mihai Șora a revenit în țară cu scopul de a-și revedea părinții. Din ceea ce a povestit mai tîrziu, nu avea de gînd să rămînă, ci, dimpotrivă, să se întoarcă la Paris, unde-și lăsase tînăra nevastă și copilul. Aducea cu sine o carieră intelectuală, publicistică și franțuzească deja respectabilă. Dar undeva, în bagajul de mînă, mai avea un fragment de biografie comunistă care încă avea trecere în ochii Partidului Muncitoresc Român, rezultat din fuziunea forțată între PCdR și PSDR.
Mihai Șora fusese membru în Partidul Comunist Francez și se putea spune că avusese contacte cu Rezistența. La București, unde nu începuse încă prigoana interbrigadiștilor, asta reprezenta un merit. Numai că exista suspiciunea ca el să fi fost contaminat de influența Cominternului și, deci, a NKVD. Prin urmare, Ana Pauker, care era pe atunci ministru de Externe și o colaboratoare fanatică a poliției secrete sovietice, a ținut să-l știe sub supraveghere la ea, la minister. Mihai Șora a fost angajat la MAE ca expert și, silit de împrejurări, s-a stabilit în România definitiv.
Față de ceea ce pretinde el că a fost un trai în teroare, a dus-o bine, cu mult peste media vremii. În 1951 a fost numit șef la Editura pentru Limbi Străine, iar în 1954 a fost pus redactor-șef la Editura de Stat pentru Literatură și Artă. Are aici meritul de a fi redeschis colecția „Biblioteca pentru toți“, în care au fost republicate cărți importante din literatura universală.
În 1969, însă, a fost îndepărtat de la ESPLA și trimis redactor la Editura Enciclopedică. Era o marginalizare clasică și a apărut legenda că s-ar fi datorat publicării unei antologii de poezie interbelice în care apăreau doi poeți acuzați de legionarism. Lucru posibil. Dar, în același timp, nu trebuie uitat că Ceaușescu tocmai ce se răcise cu URSS și pornise un plan de îndepărtare a agenților și presupușilor agenți KGB din toate structurile de stat. Dictatorul se temea că va cădea victima unui complot sovietic și a dat ordin să fie izolați toți suspecții, fără să îndrăznească să-i elimine. E posibil ca Mihai Șora să fi rămas în memoria diviziunii anti-KGB din cadrul Direcției Generale de Contraspionaj și să fi ajuns pe lista generală a marginalizaților sub supraveghere.
Oricum, curajul și independența lui Ceaușescu aveau limitele lor, așa că din 1970 și pînă la pensionare, în 1977, Mihai Șora a lucrat într-un post călduț la Ministerul Educației și Învățămîntului.
După decembrie 1989, a fost numit ministru al Educației în primul guvern Petre Roman, din care a demisionat în urma Mineriadei din 13-15 iunie 1990. O vreme a rămas în atenția publică prin dezbaterile inițiatice de la GDS, prin PR-ul Editurii Humanitas și textele publicate în revista 22, apoi s-a retras în tihna bătrîneții. Nu se știe cum a reapărut în momentul protestelor de stradă din 2017-2018, în fața Muzeului „Antipa“, la girafă. Misterul e neelucidat. De unde energia, de unde dorința, de unde nevoia de a fi plasat pe coperta unei generații agitate și ușor de manipulat? Poate de la a doua căsătorie, încheiată la vîrsta de 98 de ani, poate de la reumatismul Rezistenței franceze sau – cine știe? – poate de la fluturarea unor documente construite de fosta Securitate. E preferabil să ni-l amintim pe Mihai Șora animat doar de inteligența și imaginația sa mereu tinere și să-i urăm drum bun spre metafizică și veșnicie.